Salah satu sarana penunjang pengujian di Balai veteriner Banjarbaru adalah Laboratorium Bakteriologi. Berbagai alat standar untuk pemeriksaan mikroorganisme telah tersedia di Laboratorium Bakteriologi seperti Biological Safety Cabinet (BSC) untuk keamanan dan keselamatan kerja terhadap agen mikroorganisme berbahaya. Alat-alat penunjang lain yang tersedia antara lain inkubator, inkubator CO₂, waterbath, ultra low freezers -85^oC. densitometer, alat hitung koloni dan lain-lain. Berbagai fasilitas tersebut membantu pemeriksaan-pemeriksaan mikrobiologi yang dapat dikerjakan di Laboratorium Bakteriologi seperti pewarnaan gram, kultur bakteri aerob dan anaerob, uji sensitivitas terhadap antibiotik, pemeriksaan kualitas air dan makanan, pemeriksaan jamur penyebab infeksi, pengujian zat antimikroba dan lain sebagainya.