Balai Veteriner Banjarbaru pada awal berdirinya adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. Awalnya dibentuk berdasarkan SK Menteri Pertanian Nomor : 315/Kpts/Org/5/1978 tanggal 25 Mei 1978 dengan nama Balai Penyidikan Penyakit Hewan dengan wilayah pelayanan mencakup 4 Provinsi di Pulau Kalimantan, yaitu: Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat dan Kalimantan Timur.

Pada tahun 2001 terjadi perubahan eselon dan struktur organisasi berdasarkan SK Menteri Pertanian Nomor : 457/Kpts/OT.210/8/2001 tanggal 20 Agustus 2001. Nama Balai berubah menjadi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional V Banjarbaru. Perubahan eselon dari IIIB menjadi IIIA dan tata organisasinya pun mengalami penyederhanaan.

Pada tahun 2013 terjadi perubahan nama kembali menjadi Balai Veteriner Banjarbaru berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian No: 61/Permentan/Ot.140/5/2013, dengan wilayah pelayanan mencakup 5 Provinsi, yaitu: Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Utara. Pada Tanggal 23 Desember 2020 peraturan ini di perbarui dengan Peraturan Menteri Pertanian No. 43 Tahun 2020 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan Dan Kesehatan Hewan.

Pada tahun 2023 peraturan tersebut kembali di perbarui dengan Peraturan Menteri Pertanian No. 12 Tahun 2023 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan Dan Kesehatan Hewan. Peraturan ini memuat tugas pokok dan fungsi Balai Veteriner.