Balai Veteriner Banjarbaru awalnya didirikan sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. Pembentukan lembaga ini didasarkan pada Keputusan Menteri Pertanian Nomor 315/Kpts/Org/5/1978 tanggal 25 Mei 1978, dengan nama Balai Penyidikan Penyakit Hewan. Pada masa awal pendiriannya, wilayah pelayanan balai ini mencakup empat provinsi di Pulau Kalimantan, yaitu: Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat, dan Kalimantan Timur.
Seiring perkembangan organisasi, pada tahun 2001 terjadi perubahan struktur dan status kelembagaan berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian Nomor 457/Kpts/OT.210/8/2001 tanggal 20 Agustus 2001. Nama lembaga diubah menjadi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional V Banjarbaru, dengan perubahan eselon dari IIIB menjadi IIIA serta penyederhanaan struktur organisasi. 
Selanjutnya, pada tahun 2013, melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 61/Permentan/Ot.140/5/2013, nama lembaga kembali diubah menjadi Balai Veteriner Banjarbaru. Pada saat itu, wilayah pelayanannya diperluas mencakup lima provinsi, yaitu: Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Utara.
Perubahan organisasi dan tata kerja Balai Veteriner kembali diperbaharui melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 43 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. Kemudian pada tahun 2023, peraturan tersebut diperbarui melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 12 Tahun 2023, yang mempertegas tugas pokok dan fungsi Balai Veteriner
Pada tahun 2025, melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 09 Tahun 2025, ditegaskan bahwa Balai Veteriner, yang selanjutnya disingkat BV, merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan yang melaksanakan pengamatan, pengidentifikasian penyakit hewan, pengujian produk hewan, serta penguatan teknik dan metode pengamatan dan pengidentifikasian penyakit hewan, diagnosis, dan pengujian veteriner.
Dasar hukum pendirian Balai Veteriner Banjarbaru klik disini
